신학에서는 세계와 세계를 지배하는 모든 법칙에서 자유로울 뿐 아니라 그들의 근원이 되는 하나님을 초월하시는 하나님이라 하고, 그 반면 어떤 양상으로든지 하나님이 이 세상에도 임재하신다고 믿을 때 그것을 하나님의 내재라고 일컫는다.
하나님의 초월과 내재는 인간의 하나님에 대한 이론적 사색에 많은 문제를 제공하였다. 하나님의 초월을 강조하고 그의 내재를 무시하는 대표적인 학파는 신플라톤주의, 노스틱주의, 그리고 현대의 위기신학 등이다.
그런데 내재만을 강조하고, 대개는 신비적인 경향을 가지고 있고 인간의 감정적인 체험을 강조하는 사상도 있다. 창조주와 피조물과의 구분이 분명하지 않고 죄의 심각성이 약화되어 있다. 이러한 의미에서 감정적인 체험을 강조하는 믿음과 극단적으로 합리적인 자유주의 신학이 공통되는 점을 가지게 되는 것이다. 극단적인 초월을 주장하는 신학보다 하나님의 내재를 강조하는 신학이 더 비성경적인 것이다.
그러나 성경은 하나님의 초월과 내재를 동시에 가르친다. 하나님은 창조자요 이 세상에 속한 분이 아니지만 이 세상에 무소부재하신다.